拔萃男書院舊名為孤子院(Diocesan Home and Orphanage)、拔萃書室(Diocesan School and Orphanage)、拔萃男書室(Diocesan Boys' School and Orphanage)。原校址在香港島般咸道(現為般咸道官立小學),後於1926年遷至現址。遷校初期,曾經於1927年短暫借用旺角警署之地。創校至今,歷任10位校長。
般咸道原址曾經於1860年創立一所女館(意譯為教區本地女子訓練學校,Diocesan Native Female Training School),此校因故於1868年結業,由聖公會主教接管改建。由於曰字樓女館的創辦單位、教育理念、人事編制及學生背景與後來的拔萃男書室不同,故拔萃男書室僅視其為先驅,將創校年份定於1869年。